เมื่อปี พ.ศ. ๒๔๗๗ เริ่มแรกโรงเรียนบ้านหนองซนไม่มีอาคารเรียน ต้องอาศัยใช้ศาลาวัดศรีบุญสงค์ซึ่งตั้งอยู่ที่บ้านหนองซน หมู่ที่ ๘ เป็นที่ทำการเรียนการสอน เปิดทำการเรียนการสอน ตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ ๑ ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ ๔ โดยมีครูใหญ่ คือ นายสินธุ์ ติยะบุตร ต่อมาเมื่อวันที่ ๑๕ มีนาคม พ.ศ. ๒๔๘๗ ได้ก่อตั้งโรงเรียนขึ้น ซึ่งเป็นอาคารเรียนชั่วคราว โดยมีครูใหญ่ คือ นายกอง สมดีตี สังกัดสามัญศึกษา และเมื่อปี พ.ศ. ๒๕๑๐ องค์การบริหารส่วนจังหวัดนครพนม ได้จัดสรรงบประมาณประจำปี สร้างอาคารเรียนแบบ ป.๑ฉ /๓ จำนวน ๓ ห้องเรียน ๑ หลัง และชาวบ้านจัดหาที่ดินให้โรงเรียนเป็นเนื้อที่ จำนวน ๔๙ ไร่ ๑ งาน ๑๖ ตารางวา และต่อมาทางราชการได้สนับสนุนงบประมาณก่อสร้างอาคารเรียน อาคารประกอบ บ้านพักครู และบุคลากรเพิ่มเติม และได้พัฒนา มาตามลำดับ
ปัจจุบันโรงเรียนบ้านหนองซน ได้พัฒนาการเรียนการสอนตั้งแต่ระดับชั้นอนุบาล ๒ ถึงระดับชั้นประถมศึกษาปีที่ ๖ ในปีการศึกษา ๒๕๖๗ มีจำนวนนักเรียนทั้งสิ้น ๑๗๓ คน มีนางสาววิยะดา โพธิ์ทะโสม เป็นผู้อำนวยการสถานศึกษา มีข้าราชการครู ๑๑ คน ครูอัตราจ้าง ๒ คน ครูพี่เลี้ยงเด็กพิการ ๑ คน ลูกจ้างชั่วคราว ๑ คน รวม ๑ คน